Консервативные аминокислотные остатки в выборке 10 потенциальных ортологов белка RUVA_ECOLI.

Матрица попарного сходства (% совпадения) последовательностей выборки

             RUVA_PHOLL  RUVA_YERPE  RUVA_ECOLI   RUVA_VIBVY   RUVA_VIBCH   RUVA_SHEON   RUVA_PSEAE   RUVA_HAEIN   RUVA_PASMU   RUVA_HAEDU 

RUVA_PHOLL       100%                                                                                                                     

RUVA_YERPE        85%       100%                                                                                                        

RUVA_ECOLI        78%        77%      100%                                                                                           

RUVA_VIBVY        65%        68%       67%         100%                                                                              

RUVA_VIBCH        60%        63%       63%          84%         100%                                                                 

RUVA_SHEON        57%        60%       57%          63%          60%         100%                                                    

RUVA_PSEAE        51%        54%       53%          55%          53%          54%         100%                                       

RUVA_HAEIN        59%        59%       59%          58%          53%          53%          53%         100%                          

RUVA_PASMU        57%        57%       58%          53%          50%          52%          51%          78%         100%             

RUVA_HAEDU        55%        56%       58%          55%          53%          50%          50%          71%          67%         100%

Mножественное выравнивание выборки ортологов

Выравнивание было произведено с помощью программы emma из програмного пакета EMBOSS для UNIX .
Яркозеленым выделены аминокислотные остатки, консервативные на 100% , темнозеленым выделена 80%-консервативность.

3D-структура белка RUVA_ECOLI с выделенными консервативными остатками зоны связывания лиганда

Приведенные ниже модели третичной структуры белка получены с помощью программы RASMOL . В шариковой модели были выделены лиганд и интересующие нас остатки (находящиеся в радиусе 5 Å от лиганда,т.е.имеющие возможность образовывать с ним связи):

синим выделен сам лиганд(участок молекуляы ДНК),
зеленым — консервативные на 80%остатки(77,85,116,118 соответственно)
желтым — консервативные на 100%остатки
(54,76,79-84,114-117,119-121,123 соответственно)
голубым — остатки, считаемые не консервативными (78 и 113).

На основании полученных моделей можно предположить, что остатки, в действительности наиболее близко подходящие к лиганду и, по-видимому, формирующие с ним связь, максимально консервативны.

Так как ДНК является крайне объемным соединением, я сочла наиболее наглядным его представление не в шариковрй, а в шарнирной модели.